Citata da autorevoli fonti antiche come Diodoro Siculo, il celebre erudito Strabone, Tucidide e lo storico Tito Livio, l'antica città di Morgantion venne identificata con certezza solo intorno alla metà degli anni Cinquanta, in seguito a regolari campagne di scavo effettuate dalla missione archeologica della Università di Princeton (USA), guidata da E. Sjoqvist e R. Stillwell. Prima di allora, in verità, varie proposte avevano tentato di localizzare nel quadro geografico dell'isola quell'antico centro siculo-ellenizzato un tempo coinvolto nelle principali vicende storiche che interessarono la Sicilia centro-orientale: dalla tirannide di Ippocrate di Gela agli anni tra il 460/59 ed il 450, il quale agli inizi del V sec. a. C. conquistò la piccola polis sulla Cittadella (fondata con molta probabilità da un gruppo di Siculi provenienti dall'Italia meridionale intorno agli inizi del I millennio a. C. e guidati dal re Morges, cui si deve il nome della città) nel difficile ma riuscito tentativo di aprire uno sbocco sul Tirreno alla dorica Gela, quando il rifiuto da parte dei Morgeti di aderire alla causa di Ducezio ed al vano tentativo di costui di organizzare un'alleanza delle genti sicule contro la crescente egemonia dei Greci determinò l'assalto e la distruzione del centro ad opera del condottiero - ed il conseguente trasferimento dell'abitato dalla rocca della Cittadella all'altopiano di Serra Orlando, che ospita ancora oggi i monumentali resti della città. La prestigiosa posizione di Morgantina, al centro dell'isola, naturalmente protetta da tutti i lati da ripidi e scoscesi pendii ed inoltre, elemento non trascurabile, la sua vicinanza all'antico fiume Albos, oggi Gornalunga (le cui acque -un tempo abbondanti- rendevano fertili e produttive le vallate circostanti coltivate a grano) aveva in verità da tempo attirato le attenzioni di Siracusa che, nonostante la caduta dei regimi tirannici dell'isola, riuscì ad ottenere una tacita supremazia sulla città, sebbene questa rimanesse di fatto libera, come conferma l'istituzione di una zecca cittadina autonoma. Nel 424 a.C. Morgantina fu nuovamente protagonista di un evento storico importante, il "congresso" di Gela, in cui venne ceduta da Siracusa a Camarina in cambio dell'adesione di quest'ultima alla causa siracusana, ossia alla costituzione di un'alleanza di tutte le città rodio-corinzie dell'isola contro le città calcidesi guidate da Leontinoi, le quali a loro volta avevano invocato l'aiuto di Atene per limitare le pretenziose smanie di dominio di Siracusa. La spedizione ateniese in Sicilia si concluse con un clamoroso insuccesso e la definitiva vittoria di Siracusa e dei suoi alleati nel 415 a.C.. Tuttavia il prestigio siracusano ebbe qualche momento di incertezza: approfittando dei conflitti tra le genti greche dell'isola, i Cartaginesi avrebbero intrapreso la conquista di importanti avamposti nella Sicilia greca. È probabile che, di queste vicende, avessero tentato di approfittare tutti quei centri che mal tolleravano l'egemonia siracusana: anche Morgantina avrebbe accolto soldati punici, ma questo tentativo di liberazione dal predominio di Siracusa non andò a buon porto. Nel 396 a.C. il tiranno Dionisio I avrebbe guidato la conquista della città, che venne nuovamente ricondotta nell'orbita siracusana sino al 368 a.C., anno della morte di Dionisio, quando Morgantina riuscì a sganciarsi da Siracusa e divenne sede di un gruppo di mercenari campani. L'arrivo di Timoleonte in Sicilia nel 344 a.C., nel tentativo di ripristinare il prestigio di Siracusa ed il suo predominio sui centri dell'isola, coinvolse direttamente Morgantina: la città tentò invano di resistere all'assalto del condottiero corinzio, il quale avrebbe stanziato nella città un gruppo di coloni greci. Il potere oligarchico instaurato da Timoleonte a Siracusa trovò forte opposizione da parte del popolo, che affidò le proprie speranze ad un capo carismatico. Agatocle: costui riuscì nel 317 a.C. ad abbattere l'oligarchia a Siracusa grazie anche ad aiuti provenienti da Morgantina, la quale per questo sarebbe stata privilegiata, ritrovando quella pace e prosperità perdute da tempo. Ancora alleata di Siracusa all'epoca di Gerone II (276-215 a.C.), durante la seconda guerra punica si sarebbe ribellata a Roma alleandosi con i Cartaginesi; pagò caro il prezzo di questa scelta -per cui Tito Livio la annovera tra le città "ignobili" dell'isola- nel 211 a.C., quando venne punita e costretta a sottomettersi al dominio romano. Ceduta insieme al suo territorio a soldati spagnoli guidati da Merico, intraprese un lento declino che la portò alla decadenza totale. E' questa la situazione che descrive Strabone all'inizio della età imperiale, parlandone come di una città che "una volta esisteva, ma ora non esiste".